Setelah masa tersebut, pelanggaran HAM masih terus berlanjut, yang menurut pakar hukum Adnan Buyung Nasution dapat dikelompokkan menjadi empat golongan yaitu:
a. Kejahatan terhadap kemanusiaan, antara lain:
- Gerakan 30 September/PKI pada tahun 1965, yaitu pembunuhan terhadap tujuh orang pahlawan revolusi, yang disusul oleh pembunuhan terhadap 500.000 orang yang dituduh PKI.
- Kasus Timor Timur pada tahun 1971-1977 dan 1997-1982.
- Peristiwa Tanjung Priok pada tahun 1984 dengan pembunuhan terhadap kelompok umat Islam.
- Daerah Operasi Militer(DOM) di Aceh dengan korban meninggal 2.000 orang dan 7.000 kasus penyelesaian