Penggolongan organisme dengan menggunakan sistem klasifikasi filogenetik,
kekerabatan secara evolusi
Pada awalnya ilmuwan mengklasifikasikan organisme berdasarkan pendapatnya sendiri yaitu dengan memperhatikan habitat (tempat hidup) atau manfaat organisme yang mereka klasifikasikan bagi manusia. Klasifikasi seperti itu kini dikenal sebagai sistem klasifikasi artifisial/buatan. Seiring dengan perkembangan ilmu taksonomi, kemudian muncul sistem klasifikasi natural/alamiah yang dipelopori oleh Theoprastus. Sistem klasifikasi ini menggolongkan organisme didasarkan pada kesamaan bentuk luar (morfologi) atau anatomi organisme.
Setelah kemunculan teori Evolusi Darwin yang salah satu pendapatnya menyatakan bahwa kemiripan struktur tubuh organisme menunjukkan adanya hubungan kekerabatan dalam sejarah perkembangan evolusi, berkembang pula sistem klasifikasi yang mendasarkan pada aspek hubungan evolusi. Sistem klasifikasi tersebut, kini terkenal dengan nama klasifikasi filogenetik.